众所周知，只要营养缺乏，就可导致产蛋率下降，并影响孵化。然而，有些营养物质缺乏可严重影响产蛋率，但对孵化率影响较轻微或无影响；而另一些营养物质缺乏，虽然对产蛋率影响很小，但可严重影响孵化率。

（1）维生素对孵化率的影响：维生素B2缺乏是影响孵化率最重要的营养因素之一，表现为脚趾麻痹症，临床症状为脚趾弯曲，身体矮小，在孵化期的第9-14天出现死亡高峰。叶酸和生物素缺乏往往导致长骨短缩，并可出现鹅鹉嘴畸形，叶酸缺乏可在孵化期的第18-21天出现大量死亡。维生素B12缺乏可导致胚胎头在大腿间的胎位异常，死亡率高峰常发生在孵化时的第16-18天。当种鸡日粮中的维生素A缺乏时，胚胎可在孵化期的第3-4天内死亡，死胚表现为循环系统发育不全。此外，维生素K和维生素E缺乏亦可不同程度地出现死胚。

（2）微量元素对孵化率的影响：锰是影响种鸡孵化率较严重的微量元素之一。当种鸡日粮中缺锰时，胚胎将出现鹦鹉嘴畸形，病鸡长肢骨短缩，下领骨短，上领骨向下弯曲。微量元素硒缺乏时，虽可导致种鸡产蛋率下降。但更严重的是影响到种蛋的孵化率，病症如同肉用仔鸡常见的渗出性素质病，并可出现脑软化、脑积水。除此之外，锌元素缺乏亦可在一定程度上影响到孵化率。